Agronomas ir žurnalistas.
Gimė 1905 m. rugsėjo 27 d. Dargužių kaime. Mokslus pradėjo pas kaimo daraktorių, o 1920 m. įstojo į tuometinį Vilniaus lietuvių, o vėliau Vytauto Didžiojo gimnazijos antrą klasę. 1927 m. ją baigė ir tais pačiais metais įstojo Vilniaus, o metų – į Krokuvos universiteto Agronomijos fakultetą. 1932 m., baigęs universitetą, J. Jonynas dirbo Vilniaus lietuvių ūkio draugijoje, o nuo 1935 m. – biologijos mokytoju Vytauto Didžiojo gimnazijoje. 1938 m. tapo Vilniaus krašto lietuvių mokytojų sąjungos pirmininku. 1932–1939 m. J. Jonynas aktyviai bendradarbiavo Vilniaus lietuvių spaudoje. Pats daug rašė įvairia tematika.
1939 m. paskirtas Vilniaus sodininkystės mokyklos direktoriumi. Jai vadovavo iki 1944 m. liepos pradžios. Prasidėjus sovietinei okupacijai, dirbo „Valstiečių laikraščio“ redakcijos skyriaus vedėju. 1958 m. perėjo dirbti į Radijo komitetą žemės ūkio valandėlių redaktoriumi, o 1962 m. – į „Mūsų sodų“ redakciją skyriaus vedėju. Nuo 1963 m. iki išėjimo į pensiją J. Jonynas dirbo „Žemės ūkio“ žurnalo vyr. redaktoriaus pavaduotoju.
Mirė 1995 m. liepos 31 d.